همچنین بی‌خوابی خود عامل خطر برای هر دو بیماری محسوب می‌شود؛ تحلیل و تجزیه نتیجه حاصل از ۴۵ مورد تحقیق در ایتالیا بر روی بیش از ۶۰۰ هزار تن نشان می‌دهد در میان افرادی که در شب کمتر از ۵ ساعت می‌خوابند، خطر ابتلا به چاقی مفرط ۵۵ درصد افزایش می‌یابد.
همچنین خواب کمتر از ۶ ساعت در شب احتمال ابتلا به دیابت نوع دوم را ۲۸ درصد افزایش می‌دهد؛ طبق این تحقیقات کمبود خواب بین ۲ تا ۷ روز در میان بزرگسالان تنظیم نورو اندوکرین اشتها را مختل می‌کند؛ در این شرایط میزان لپتین، هورمونی که پیام سیر شدن را به مغز می‌رساند، کاهش می‌یابد و در مقابل گرلین هورمونی که حس گرسنگی را تحریک می‌کند، افزایش می‌یابد؛ به این ترتیب در احساس گرسنگی و سیری فرد تغییراتی ایجاد می‌شود که منجر به چاقی مفرط خواهد شد.
مطالعات دیگر نشان می‌دهد افرادی که با کمبود خواب رو به رو هستند بیشتر مواد غذایی چرب و شیرین می‌خورند.
از سوی دیگر در مواقع کمبود خواب حساسیت به انسولین و تحمل گلوکز کاهش می‌یابد؛ این روند در دراز مدت به افزایش خطر ابتلا به دیابت نوع دوم منجر می‌شود.
در مطالعه دیگری نشان داده شده است افراد چاق که رژیم لاغری مشابهی را دبنال می‌کنند اما برخی از آنها در معرض بی‌خوابی قرار گرفته‌اند نتیجه یکسان داشت؛ در واقع همه افراد به یک اندازه وزن از دست داده‌اند اما افرادی که در معرض بی‌خوابی بودند بیشتر حجم ماهیچه‌ای خود را از دست داده‌اند.
از سوی دیگر بی‌خوابی موجب افزایش ترشح کورتیزول به گونه‌ای متفاوت می‌شود؛ این افزایش مسئول افزایش چاقی احشایی و مقاومت به انسولین است؛ با این حال تاکنون در هیچ تحقیقی به طور خاص به ارتباط میان چاقی و بی‌خوابی مزمن پرداخته نشده است.